Celem głównym współpracy miasta z organizacjami pozarządowymi jest rozwój społeczeństwa obywatelskiego. Działalność organizacji pozarządowych w sferze zadań publicznych znacząco wpływa na rozwój miasta i jakość życia jego mieszkańców, aktywizuje społeczność lokalną oraz sprzyja budowaniu odpowiedzialności społecznej. Wiele dziedzin życia społecznego nie mogłoby funkcjonować bez aktywności obywatelskiej przejawiającej się we wszechstronnych inicjatywach.

Zasady współpracy samorządu z organizacjami pozarządowymi określają:

• ustawa o działalności pożytku publicznego i o wolontariacie,
• roczne programy współpracy Gminy Miasta Toruń z organizacjami pozarządowymi.

Roczny program współpracy pozwala na prowadzenie działań zmierzających do osiągnięcia optymalnego poziomu uczestnictwa obywateli w życiu publicznym miasta oraz stworzenie adekwatnych do potrzeb mechanizmów funkcjonowania społeczeństwa obywatelskiego opartego na zasadzie pomocniczości, partycypacji, dialogu i partnerstwa pomiędzy administracją samorządową a środowiskiem pozarządowym.  Zgodnie z wieloletnią tradycją, programy współpracy międzysektorowej opracowywane są w procesie partycypacyjnym, z udziałem przedstawicieli lokalnych organizacji pozarządowych, Rady Działalności Pożytku Publicznego Miasta Torunia oraz przedstawicieli działów Urzędu Miasta Torunia i jednostek organizacyjnych Gminy Miasta Toruń.

Roczne programy współpracy:

• wskazują szczegółowe obszary i formy współpracy Gminy Miasta Toruń ze środowiskiem pozarządowym,
• wyznaczają katalog priorytetowych zadań realizowanych we współpracy z podmiotami działającymi w zakresie pożytku publicznego,
• określają tryb i zasady międzysektorowej współpracy finansowej i pozafinansowej.

Na podstawie rocznych programów toruńskie środowisko pozarządowe:

• realizuje zadania publiczne gminy,
• współtworzy prawo obowiązujące w mieście, stanowiąc głos konsultacyjny i doradczy,
• promuje działania statutowe,
• rozwija wolontariat w mieście,
• korzysta z doradztwa, szkoleń, lokali miejskich,
• korzysta z miejskich dotacji na realizacje zadań.

Podstawową formy współpracy miasta z organizacjami pozarządowymi:

• współpraca finansowa,tj.  zlecanie organizacjom realizacji zadań publicznych gminy,
• współpraca pozafinansowa, tj. działania organizacyjne i systemowe, działania wspólnych rad, zespołów i ciał doradczych, wsparcie rzeczowe, współorganizacja wydarzeń i szkoleń, promocja działań obu sektorów,  działalność Toruńskiego Centrum Aktywności Lokalnej 2.Piętro.

Współpraca gminy z organizacjami pozarządowymi opiera się na następujących zasadach:

• pomocniczości, która oznacza uporządkowane wzajemne relacje między sektorem publicznym a sektorem obywatelskim ukierunkowane na realizację dobra wspólnego,
• suwerenności stron, która oznacza prawo do niezależności i odrębności w samodzielnym definiowaniu problemów, poszukiwaniu rozwiązań i sposobu realizacji zadań,
• partnerstwie, co oznacza, iż strony podejmują współpracę w identyfikowaniu, definiowaniu problemów i zadań publicznych, tworzeniu polityk, wspólnym realizowaniu zadań, wypracowaniu najlepszych sposobów ich realizacji traktując się wzajemnie jako podmioty równoprawne w tych procesach,
• efektywności, która oznacza wspólne dążenie do osiągnięcia możliwie najlepszych efektów w realizacji zadań publicznych przy nakładach adekwatnych do realizowanego zadania,
• uczciwej konkurencji oraz jawności, oznaczających kształtowanie przejrzystych norm współpracy, opartych na równych i jawnych kryteriach wyboru realizatora zadania publicznego oraz na zapewnieniu dostępności do informacji publicznej.